2009年06月29日

完全変態系統

まだ読み込んでないが,なかなか良さげな論文.

Single-copy nuclear genes resolve the phylogeny of the holometabolous insects
Brian M Wiegmann, Michelle D Trautwein, Jung-Wook Kim, Brian K Cassel, Matthew A Bertone, Shaun L Winterton and David K Yeates
BMC Biology 2009, 7:34


核のアミノ酸コード領域6遺伝子,5000bp ほどのデータ.一番の注目,ネジレバネは甲虫の姉妹群(まーそうでしょう.PP 99%, BS 59% とあまり高くはないし,long branch になってはいるが.ただし,脈翅ー鞘翅ーネジレの単系統性は PP 100, BS 89 と高い).膜翅目は完全変態の最基部から分岐.あとユキシリアゲーノミの単系統性を否定(これはちょっと意外!!).

全体的に非常に納得いく結果.3rd codon 除いたり,いろいろと検定しているが,かなり結果は安定している.
posted by 茶坊主 at 14:17| Comment(2) | 完全変態
この記事へのコメント
甲虫が少なくないですか? その割にシリアゲが多かったり。あとCAD以外のprimerの配列も載ってませんよね。primerの配列が分かれば使いたいんですけど・・・。
Posted by 橘 at 2009年06月29日 20:33
たしかに basal な甲虫とか,ハバチ辺りが入ればもっといいんでしょうけど,それでもほぼ全ての目から複数種サンプリングされていて,極端な long branch になりそうな枝もネジレバネだけですので,これくらいサンプリングしてあれば,まあ許せるかな,とは思います.著者達が主に Diptera 研究者から構成されていますので,偏りもあるんでしょう.分類とか系統は,サンプリングにこだわりだしたらキリがありませんからね(もちろん,それを軽視していいということではありませんが).プライマーについては,,,すみません.そこまでチェックしてませんでした.著者に問い合わせろってことですかね.
Posted by 茶坊主 at 2009年06月29日 21:09
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