18S の hyper variable region

Phylogenetic comparison of local length plasticity of the small subunit of nuclear rDNAs among all Hexapoda orders and the impact of hyper-length-variation on alignment
Xie, Q., Tian, X., Qin, Y., Bu, W.
Molecular Phylogenetics and Evolution
volume 50, issue 2, year 2009, pp. 310 - 316

六脚類全オーダーの 18S の二次構造を決定して，hyper variable region の状態を検討した論文．まあ，これまでの18S論文でもさんざん言われて来たことで，もう良いだろうと思いながらぱらぱら眺めていて，ふと気になったのがジュズヒゲムシ．ハサミムシにどっぷりはまり込んでいるし，Suppl. Data 見ると，二次構造の状態も完全に一致している．そんなはずは無いと思って確認してみると…

データの由来は Terry & Whiting が使っている Zorotypus hubbardi．で，部分配列を拾って BLAST かけてみると，引っかかるのは全てハサミムシ．ジュズヒゲの 18S は，僕が取った Z. hubbardi のデータも含め，６つもあるのに全く引っかかってこない…つまりは，このデータは Whiting お得意のコンタミ（もしくは同定ミス）で，この著者たちは運悪くその一つを拾ってしまいました，チャンチャン，ということ．

さらに言えば，Terry & Whiting の結果も，コンタミが強く影響している可能性が高いということです（他に使われている２種は大丈夫）．こんなのはアライメントしているときに気づきそうなもんだけど…POY の弊害ですね．