2006年11月30日

リボソーム領域のアライメント

下記のドレスデンミーティングの論文から

Kjer, K; Gillespie, J.J. & Ober, K.A. 2006. Structural homology in ribosomal RNA, and a deliberation on POY. − Arthropod Systematics & Phylogeny, 64 (2): 159-164.

リボソーム領域のアライメントに関して,ぼくは Kjer の立場を強く支持しているのですが (e.g., Yoshizawa & Johnson, 2005),direct optimization の旗振り役の一人である Wheeler らはかなり口汚く Kjer の研究をののしってきました.

Ogden, T. Heath, Whiting, Michael F. & Wheeler, Ward C. (2005)
Poor taxon sampling, poor character sampling, and non-repeatable analyses of a contrived dataset do not provide a more credible estimate of insect phylogeny: a reply to Kjer.
Cladistics 21 (3), 295-302.


しかし次の結果は direct optimization 派には強烈な一撃となるでしょう.

'... we suggest that POY is not an objective means of data analysis unless you have some objective means of selecting the input parameters, and it is not repeatable unless you are given those parameters in advance. Even with the input parameters set in advance, we recovered different trees from each investigator.' (Kjer et al., 2006: p. 163)

来年の Syst. Biol. に,より詳細な結果が出るようなので,楽しみです.
posted by 茶坊主 at 12:32| Comment(0) | 分子系統
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